ไม่นานหลังจากเหตุการณ์ในเนื้อเรื่องหลักจบลง Gregory ก็ได้ไปติดอยู่ภายในห้างพิซซาเพล็กซ์อีกครั้ง ซึ่งตอนนี้ถูกทิ้งร้างแล้ว เพื่อช่วย Gregory ออกจากห้างนั่น แคสซี่เพื่อนของเขาจึงตัดสินใจปีนแอบเข้ามาในห้างสรรพสินค้าและรวบรวมสิ่งของต่างๆ ทั่วห้าง เช่น หน้ากากรักษาความปลอดภัย ที่ทำให้เธอสามารถเข้าถึงระบบ Virtual Augmented Neural Network Integration ("V.A.N.N.I") ในห้างสรรพสินค้านี้ได้ โดย Gregory เป็นคนนำทางแคสซี่เดินทางไปรอบห้างพิซซาเพล็กซ์และสั่งให้เธอปิดการใช้งานโหนดความปลอดภัยหลายจุดในห้างเพื่อเข้าถึงหลุมใต้ดินของห้างนี้ โดยโหนดอันสุดท้ายคือ Roxy หนึ่งในหุ่นแอนิมาทรอนิกส์ ตอนนี้เธอตาบอดและไม่สามารถมองเห็นได้เนื่องจาก Gregory ในเนื้อเรื่องหลักที่ได้ขโมยชิ้นส่วนตาของ Roxy ไป ย้อนไปเมื่อหลายปีก่อน Roxy กับ แคสซี่เป็นเพื่อนที่สนิทกันมาก ทำให้ทั้งสองรักกันดี ต่างจากหุ่นแอนิมาทรอนิกส์ตัวอื่นในห้างตอนนี้ที่คลุ้มคลั่งและจ้องจะจัดการแคสซี่ Roxy กลับคุยกับแคสซี่เหมือนเพื่อนสนิทกันและไม่ทำร้ายแคสซี่เลย แต่แคสซี่ก็ต้องไปช่วย Gregory อยู่ดี เขาปิดการใช้งานของ Roxy ทั้งน้ำตาเพื่อที่จะไปช่วย Gregory ขณะที่เธอเดินทางวกวนอยู่ในห้างสรรพสินค้า แคสซี่ได้พบกับแอนิมาทรอนิกส์ในห้างสรรพสินค้าที่เสียหายและพังยับเยิน เธอได้ทำลายมอนตี้และเธอยังได้ไปหลอมรวม Sun กับ Moon เข้าด้วยกันจนกลายเป็นตัวละครตัวใหม่ชื่อ "Eclipse" หรือแปลตรงตัวว่า อุปราคา ในขณะที่แคสซี่อยู่ในห้างสรรพสินค้า ทุกครั้งที่เธอใส่หน้ากากรักษาความปลอดภัยเธอจะถูกตามล่าโดยหน่วยงานดิจิทัลในรูปของกระต่ายทุกครั้งซึ่งหลอกหลอนเธอไม่น้อย

หลังจากปิดการใช้งาน Roxy แคสซี่ผู้ทุกข์ใจก็เดินเข้าไปในหลุมใต้ดินของห้างที่มีเศษซากของร้านพิซซา เฟรดดี้ ฟาซแบร์ อยู๋ในนั้น เธอปิดการใช้งานโปรโตคอลรักษาความปลอดภัยของห้าง และปิดโปรแกรมชื่อ M.X.E.S. ซึ่งเป็นเซิร์ฟเฟอร์ของเจ้ากระต่ายตัวนั้น เมื่อเธอเข้าไปในห้องที่ Gregory บอกว่าเขาถูกขังอยู่ เธอได้ค้นพบแอนิมาทรอนิกโครงกระดูกที่ชื่อว่า "Mimic" แทน มันใช้รูปแบบเสียงร้องของ Gregory เพื่อหลอกให้แคสซี่เข้าไปปล่อยตัวเขา Mimic ไล่ตามแคสซี่ไปตามทางเดินใต้ดินขณะที่ Gregory ตัวจริงได้ติดต่อหาเธอและนำทางเธอหลบหนีไปที่ลิฟต์ใกล้ๆ Roxy เห็นแคสซี่กำลังเป็นอันตรายจึงรีบเข้ามาช่วยไว้แต่เจ้า Mimic ก็ได้เอาชนะ Roxy จนเธอดูไม่เป็นท่า

ขณะที่ลิฟต์กำลังขึ้น Gregory ตัวจริงเผยให้เห็นว่าเจ้า Mimic ตัวนี้ติดอยู่ในห้องใต้ดินมาระยะหนึ่งแล้ว และ M.X.E.S. ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อหยุดยั้งการหลบหนีของ Mimic แต่แคสซี่ดันไปปิด โหนดความปลอดภัย และ M.X.E.S. ทำให้ตอนนี้ Mimic เป็นอิสระแล้ว แม้ว่าเกรกอรีจะซาบซึ้งที่แคสซี่ยอมเสี่ยงชีวิตเพื่อเขา แต่เขาบอกเธอว่าเขาปล่อยให้ Mimic เป็นอิสระไม่ได้ Gregory ขอโทษแคสซี่แล้วปิดระบบการทำงานของลิฟต์ทำให้ลิฟต์ตกลงไปกระแทกพื้นโดยที่เธอยังอยู่ข้างใน นอกจากนี้ผู้เล่นยังสามารถรับฉากจบแบบอื่นได้อีก เช่น ฉากจบลับ โดยตอนที่ผู้เล่นวิ่งหนี Mimic ผู้เล่นไม่ต้องทำตามคำแนะนำของ Gregory แล้วใช้หน้ากากรักษาความปลอดภัยทะลุมิติเข้าไปในรูปภาพซึ่งบางคนบอกว่าอาจเป็นภาพหลอนของแคสซี่ ฉากจบดี โดยผู้เล่นจะต้องวิ่งหนีเข้าไปในห้องลับแห่งหนึ่งในโพรงใต้ดินแล้วไปกดปุ่มตรงหน้าทำให้ Mimic ในชุดสิงโตถูกทำลายในที่สุด